Sous forme d'un jeu d'action, Rogue Trooper nous met dans la peau d'un ex-soldat. Il y a quelque temps, quand il était encore au service des militaires, lui et ses compagnons furent créés et surentraînés pour faire face aux nombreux ennemis, mais aussi à l'atmosphère toxique de la Néo-Terre. Mais voilà, un jour un général les trahit et les troopers se font tous exécuter. Sauf un seul (forcement sinon l'histoire serait déjà terminée), Rogue décide de se venger, avec un seul souvenir en mémoire : ses compagnons assassinés sur le peloton.

Après un moment sans nouvelles, Eidos revient avec la première vidéo de Rogue Trooper. On y découvre quelques scènes du jeu et notre Rogue, vraiment furieux.